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明初，黄河与漕运的管理合二为一，都由漕运都督管理，只有当时遇到黄河溃决，才会专门派总河大臣前去治理。自成化七年(1471年)，王恕奉朝廷之令总理河道，为总河侍郎之始。到了潘季驯时，用督漕监理河道。神宗万历十五年(1587年)，又设总理大臣，命潘季驯为右都御史，总理河道。明初，河患发生，地方官员仅仅负责征集民力，负责物料的采购。之后，随着水患的频发，治河与治漕紧密相连。明中期后，水患更加的频发，总河侍郎产生，治河越来越引起重视，其职权也不断的扩大。直到嘉靖十七年，(1538年），总河权利达到顶峰，总河督率管河，管洪，管泉，管闸郎中主事以及各该三司军卫，其权利已涉及到漕运。总河事务日益繁杂，所以在万历初，确立了由工部四都水司郎中分理，其中中河郎中驻吕梁洪，专门治理徐淮一带，之后，增加了对泇河、徐州、吕梁洪的管理。南河郎中驻高邮，专门管理淮、扬段。北河郎中驻张秋镇，主要管理静海到济宁的卫河与会通河。大约在宣德后，定差工部都水司主事，有管徐州，吕梁洪二主事。徐州洪主事设于正统间，监管徐州闸，吕梁洪主事设于大约宣德间。
在地方上，河道管理机构主要包括军卫文武与有司两个系统。有司系统是文官，于沿河府设置同知或者通判，在州设一名判官，县设置一名主簿。军卫文武是武官，主要职责是修治河防，督促船运与疏通河道。在黄河汛期，设铺夫巡视守堤。
明代朝廷所建立的这套相对完备的河道管理体制在减少河患危害与保证漕运的通畅取得了显著的成效。