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柳宗元在《封建论》中论述了郡县制相比分封制的优越性，并且说明了各个朝代的政治得失与其制度是无关的。他说：“周之事迹，断可见矣：列侯骄盈，黩货事戎，大凡乱国多，理国寡，侯伯不得变其政，天子不得变其君，私土子人者，百不有一。失在于制，不在于政，周事然也。秦之事迹，亦断可见矣：有理人之制，而不委郡邑，是矣。有理人之臣，而不使守宰，是矣。郡邑不得正其制，守宰不得行其理。酷刑苦役，而万人侧目。失在于政，不在于制，秦事然也。汉兴，天子之政行于郡，不行于国，制其守宰，不制其侯王。侯王虽乱，不可变也，国人虽病，不可除也；及夫大逆不道，然后掩捕而迁之，勒兵而夷之耳。大逆未彰，奸利浚财，怙势作威，大刻于民者，无如之何，及夫郡邑，可谓理且安矣……汉事然也。今国家尽制郡邑，连置守宰，其不可变也固矣”这里分析了周、秦、汉、唐四个朝代的兴衰情况，区分了“政”与“制”两者的不同范畴。一定的制度是由人来施行，制度的优越性更需要人来实现。秦的灭亡是因为“有理人之制而不委郡邑是矣,有理人之臣而不使守宰是矣,郡邑不得正其制,守宰不得行其理,酷刑苦役而万人侧目,失在于政,不在于制。”[7]《封建论》秦朝的郡县制本身是没有问题的，导致秦二世而亡的是在这种制度下实行的暴政。他说分封制在周初虽然能“布履星罗，四周于天下，轮运而辐集；合为朝觐会同，离为守臣扞城”[7]《封建论》但等到平王东迁之后“问鼎之轻重者有之，射王中肩者有之，伐凡伯、诛苌弘者有之，天下乖戾，无君君之心”[7]《封建论》的情况就频频出现。这说明了分封制已经不符合当时时代的需要，是造成国家混乱的根源，在这种制度下即使有贤能的人也没办法实施良好的政治。柳宗元在朝代的兴亡问题上，将“政”、“制”这两个范畴分开来讨论。秦朝所实行的郡县制是没有问题的，关键在于在这种制度下统治者实行暴政，造成了秦二世而亡。
历代赞扬分封制、批判郡县制的人，主要是因为他们把分封制看成一种天下大公的制度，而指责秦创立的郡县制是一种“家天下”的制度，从而把秦朝的暴政和专制归结于郡县制这一制度身上。例如王莽想要恢复“古制”时曾说：“秦为亡道，残灭诸侯，以为郡县，欲擅天下之利，故二世而亡。”[8]《王莽传》汉代孔融说过：“秦兼天下，政不遵旧，革划五等，扫灭诸侯甸……遂使陈、项作难。”[9]卷八十三这样就以秦朝为例，认为秦二世而亡，就表明了郡县制是不可行的。在批判郡县制的同时，又大肆的赞美分封制。如汉恒帝时期的崔寔说：“昔圣王之治天下，咸建诸侯以临其民，国有常君，君有定臣，上下相安，政如一家。”[10]《崔寔传》魏曹冏在《六代论》中写道：“三代之君，与天下共其民，故天下共其忧；秦王独制其民，故倾危而莫救。”唐代的刘秩说：“夫先王之上封建也，非止贵于永久，贵其从化而省刑。故郡建则督责，督责则刑生；国开则明教，明教则从化。从化之行，因于封建。”[11]卷四十七这些说法看起来合理，但柳宗元在《封建论》中从“公”与“私”两个方面论述了郡县制的优越性，是历史发展之必然，符合社会发展的趋势。柳宗元反复论证郡县制的优越性和分封制的弊端，实质上是以秦喻唐，表明他坚决反对分裂割据，加强中央集权的决心。
柳宗元在《封建论》中写道：“周有天下，裂土田而瓜分之，设五等，邦群后。布履星罗，四周于天下，轮运而辐集；合为朝觐会同，离为守臣扞城。然而降于夷王，害礼伤尊，下堂而迎觐者。历于宣王，挟中兴复古之德，雄南征北伐之威，卒不能定鲁侯之嗣。陵夷迄于幽、厉，王室东徙，而自列为诸侯。厥后问鼎之轻重者有之，射王中肩者有之，伐凡伯、诛苌弘者有之，天下乖戾，无君君之心。余以为周之丧久矣，徒建空名于公侯之上耳。得非诸侯之盛强，末大不掉之咎欤？”这与传统美化分封制的观点完全对立，用事实说明了分封制在发展过程中出现的问题，是不符合历史发展趋势的，没落也是必然的，而郡县制取代分封制后，社会统治基础变得更为开放和扩大化。“夫不得已，非公之大者也，私其力于己也，私其卫于子孙也。秦之所以革之者，其为制，公之大者也；其情，私也，私其一己之威也，私其尽臣畜于我也。然而公天下之端自秦始。”[7]《封建论》有力的驳斥了分封制是“天下为公”而郡县制是“家天下”的观点。在柳宗元看来打破以血缘关系为纽带的统治结构并开放更广泛的社会统治基础才是区分“公”与“私”的标准。这与传统思想的认识是截然相反的，柳宗元肯定了郡县制，认为郡县制取代分封制是历史的必然趋势，是合乎历史发展规律的。《封建论》从理论上论述了废分封，行郡县，加强中央集权的主张，指出了唐朝藩镇割据的弊端，国家要“善制兵，谨择守”，这样“则理平矣”，反应了柳宗元要求加强中央集权，削弱藩镇，巩固国家统一的美好政治愿望。