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不同微生物来源酯酶的分子量、等电点、最适反应条件和催化底物等变化区别比较大。不仅如此，即使在同酶系中的同一类酶中也有较大的差异。现在研究得最好的酶是来源Bacillus subtilis 的酯酶 NP，NP可以高选择性地作用于2- 芳基丙酸酯，该酶是胞内酶，分子量为32kDa 。一般从高温微生物中分离得到的耐热碱性磷酸酯酶，分为胞内酶和胞外酶，它们的分子量差异较大，小的只有54kDa( 单聚体) ，大的则有394kDa(八聚体) 。来源于海洋微生物的Yarrowia lipolytica CL180 酯酶，分子量为53kDa 已在在大肠杆菌中得到表达，并已完成分离纯化工作。
等电点是酶蛋白分子的重要理化特征。酯酶酶系中各组分的等电点，随着生物来源、培养条件的变化而差别较大。目前许多的研究证明，酯酶一般都为中性蛋白，其最适pH范围一般都在中性的6.5～7.5。其中许多动物、微生物酯酶的最适pH都接近7.0，适宜于中性介质中应用。
微生物生长的温度和酸碱环境相差较大，因此从中分离纯化出的酶类的最佳作用条件也不尽相同。像Bacillus subtilis的酯酶NP的最适pH为8.5～10.5 ，最适温度在35℃ ～55 ℃；嗜碱微生物(alkalophiles ) 杆菌A30-1产的碱性酯酶，它的pH范围为5.0～10.5 ，最适pH为9.0，温度作用范围为45℃ ～70℃，最适作用温度为60℃；从与海洋海绵Aplysina aerophoba共生的芽孢杆菌中提取的酯酶EstB1的最适温度为30℃ ～50 ℃，最适pH＝6.5～7.5，而EstB2的最适温度20 ℃～35 ℃，最适pH＝6.5～8.0[10]。Thermus sp . FD3041 是国内温泉分离得到的一株栖热菌[11]，培养温度为70℃，得到的胞内碱性磷酸酯酶FD2TAP ，最适温度是70℃；从深海火山中分离得到的异养古菌Pyrococcus abyssi，最适生长温度为100℃，得到胞内碱性磷酸酯酶的最适温度为70℃。
金属离子较大地影响微生物酯酶热稳定性和活性。例如Mg2 +、Mn2 +、Zn2 +和Co2 +对Pyrococcus abyssi 碱性磷酸酯酶有很明显的促进作用[12]； E. coli AP的主要辅助因子是Zn2 +, 它催化水解磷酸酯的水解通过氧桥与磷酸盐作用；在保持该酶结构稳定性和耐热性上Mg2 +起着重要作用。
1.5.3 微生物酯酶的催化性质
微生物酯酶主要研究酶的专一性、底物特异性和作用条件等因素作用特性。随着界面酶学和非界面酶学的深入研究，极大的促进了酯酶多功能的催化功能。众所周知，酶分子的结构决定酶的特异性，特别是酶活性的中心结构，所以，微生物酯酶的底物特异性主要有脂肪酸特异性、区域选择性、立体特异性和位置特异性等。酯酶的脂肪酸特异性是指对碳链长度和饱和度不同的脂肪酸所表现出的特异反应性，如圆弧青霉( Penicillium cyclopium ) 脂肪酶对 C8 以下的短链脂肪酸，根霉( Rhizopus delemar) 和黑曲霉( Apergillus niger)对C8 －C12中等链长脂肪酸，酯酶催化水解反应具有区域选择性，例如，猪肝丙酮粉（PLAP）能够区域选择性地催化其中的酚羟基酯，得到含游离酚羟基羧酸酯。荧光假单胞菌( Pseudomonas fluorescens ) 产胞内酯酶，该酯酶几乎对三元甘油酯的不水解，对碳链在6～10的二元甘油酯有较强的酶活，大于或小于这范围的碳链二元甘油酯水解又降低，而对在碳链为2 的单甘酯表现出很强的酶活。Pseudomonas sp.所产酯酶对不同的底物包括天然的油脂表现出不同的特异性。
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