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3.1.3 工程保证担保机构专业性不强
诚然，担保公司的设立会为其带来收益，而担保公司的能力、实力和服务质量能否名副其实，也成为担保制度顺利实施的一大障碍。工程保证担保公司主要存在以下困难：工程保证担保公司本身专业素质不高，缺乏相关人才。而且担保公司信息不灵通，不了解建筑市场，对被担保施工企业的评估和认定十分困难，加上评估范围包括被担保企业的资质、信誉、工程质量、公司规模等，对这些项目的审查需要花费大量的精力，尤其是对外地企业较难了解，不敢贸然担保。很多企业对工程保证担保知识知之甚少，仅限于投标保证金和履约保函，反映出各类市场主体对于工程保证担保需求不足，社会对工程保证担保认识不够。
3.1.4 一些实践工作面临的现实问题
出台一个办法较为容易，而具体实施和操作却不易，在实际操作中，有些工程保证担保往往流于形式。一些企业间暗箱操作和阴阳合同使工程保证担保制度真正发挥作用仍要克服很多阻力。业主一旦与承包商串通抵制或规避工程保证担保制度，或者将工程保证担保制度高高挂起，不闻不问，名义上实施工程保证担保制度，而实际上却是违法违规，不按合同履约，结果使担保制度失去应有作用。
例如广州市重点工程，总承包单位是来自于上海的一家承包商，与某本地设备供货商签订设备供货合同。合同约定发货前买方提供支付担保，保证货到工地交验清点后三天内买方及时支付货款。买方提供的支付保函开立银行位于上海市，保函有期效为一个月。卖方收到保函后即发货，但货到工地清点无误之后，买方以业主尚未付款为由不断推迟支付货款，卖方多次协商催促两周后，决定通过支付保函向银行索赔，此时发现离保函失效只有一周时间。按照银行和保函的索赔要求，卖方须专人携带相关文件前往上海市的银行办理索赔，且银行受理成功后十个工作日付款。卖方考虑到收集证据前往上海等综合成本因素，风险和成本更甚于等买方付款，对比之后，只能放弃索赔，继续与买方协商付款。这说明在工程实践中会面临许多现实的问题，要及时运用担保制度法律武器来避免给企业和自己带来的损失。
3.2 工程担保法律法规不健全
3.2.1 我国有关工程担保的法律框架
目前，对我国有关担保的法律框架，大致可以这样描述，即：以《民法通则》、《合同法》为基本法，以《担保法》为核心，以最高人民法院司法解释等为补充而构成了一个相对完整的担保法律体系。就工程保证担保而言，还涉及到《招标投标法》，以及一些地方法规和规章。具体的，《建筑法》已规定，建筑施工企业必须为从事危险作业的职工办理意外保险，支付保险费。《招标投标法》也规定，招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交。新版《建筑工程施工合同示范文本》增加了担保这一条款，为双向性的履约保证，担保双方还需签定担保合同作为本合同附件。随着我国建设市场的日益发展，这些法律环境已经不能完全适应推行工程保证担保制度的需要。
3.2.2 未对工程建设担保的特殊性作出规定
我国现行法律关于担保的规定大都属于对担保的一般规定，尚未充分考虑工程建设实践的特殊性。例如，我国《担保法》第一条规定了《担保法》立法的直接目的为“促进资金融通和商品流通保障债权的实现”。这无疑是正确的，但是担保在工程建设实践中的应用，其目标不仅仅局限于此。而是在更大的程度上注重风险的转移与分散功能。《担保法》第二条第一款规定：“在借贷、买卖、货物运输、加工承揽等经济活动中。债权人需要以担保方式保障其债权实现的。可以依照本法规定设定担保。”根据法律的系统解释方法，《担保法》规定的担保未能涵盖工程建设领域。此外，《合同法》出台之后，“建设工程合同”已经从传统的“加工承揽合同”剥离出来：其后《担保法解释》中也未涉及。更何况，《担保法》规定的典型担保方式也并不都能够直接应用于工程建设实践：为解决交易安全和效率效益的矛盾关系，工程建设实践中出现了一些不属于《担保法》规定的担保方式。