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3.2.3 缺少担保机构组织法的立法
担保立法至少应当包括两个方面，即担保机构组织法和担保行为法，而目前我国的担保立法中大部分属于担保行为法，缺乏担保机构组织法。目前，我国专门的工程建设的担保公司为数不多，它们设立的依据是《公司法》，《公司法》构成了它们的机构组织法，然而《公司法》却是我国公司法人机构组织法的一般法，缺乏针对性。随着人们对担保经济功能认识的不断深化，担保还将具有一定的融资功能，这在国际工程承包市场上已经有所体现。当工程保证担保公司提供工程保证担保作为一种融资工具的时候，担保公司在某种程度上已经属于金融机构。基于金融机构对于一个经济体健康稳定发展的重要意义，对提供同业担保的工程保证担保公司进行专门的法律调整则更有必要。
3.2.4 执法观念落后
在一些地方的建设行政执法中，不少将工程保证担保作为某种应急手段来使用。例如：自上个世纪九十年代末，人们开始认识到拖欠工程款和拖欠民工工资成了建设领域的难题。为了清理工程款和民工工资的拖欠现象，保障劳动者权益的呼声日益高涨，不少地方就通过发布规范性文件来推行工程保证担保。近年来，清理违法用地和违法建设几乎成了政府或者相关主管部门的“头等”大事，工程保证担保几乎成了相关主管部门应急的宠儿。
在建设行政执法中，有些地方将工程保证担保作为地方保护的手段来使用。有些地方建设行政主管部门要求所有非本地承包商进入本地建设市场从事施工前，必须交纳一笔“保证金”以保证未来不发生拖欠或保证履行合同。问题是这笔资金却并非是交给开发商，而是交由主管部门管理，否则不得参与本地工程的投标。这里，有关建设行政主管部门很显然利用了“工程保证担保”的名义达到了提高承包商进入本地建设市场的成本，进而实现了一定程度的地方保护。
3.3 工程担保市场标准不规范
3.3.1 担保市场缺乏准入门槛
部分担保机构缺乏代偿赔付能力，担保运作的基本原理是通过担保人的保障从而使受保人的信誉提高了。因此担保人一定自身要有较强的信用，才能在担保市场站稳脚。担保人自身的信用主要取决于代偿赔付能力和代偿赔付意愿两个方面。担保机构的代偿赔付能力是担保机构综合财务实力的根本体现，是担保业务合作者选择担保机构首要考虑的因素。如果自身财务能力达不到，则会影响其信誉问题。国内的担保机构的规模大致可分为三个档次（见表3-1）：
表3-1 国内担保机构的规模
规模/注册资本（万元） 300以下 300—3000 3000以上
所占比例 25.6% 65.3% 9.1%
根据研究调查显示，其中注册资本在1000万元以下的有1700多家，在这些担保机构中，很多还包含了固定资产，如土地、房屋等、和一些变现较慢的资产。这些担保机构与被提供担保的受保人和建设工程总造价相比注册资本明显不足，信誉问题令人担忧。
3.3.2 担保费率不统一
目前，因为银监会没有制定统一的指导费率，所以各银行和担保公司收取费用的标准也不统一。总集团的主要担保人中信实业银行1年的履约保函收取5‰，2年的履约保函收取6‰，而招商银行则收取1‰～2.5‰，中关村建设集团主要由担保公司出具保函，年平均费率为8‰。