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（1）动植物蛋白水解粉（HAP、HVP）生产的应用
利用中性蛋白酶的酶促反应，可把动植物的大分子蛋白质水解成小分子肽或氨基酸，以利于蛋白质的有效吸收和利用，其水解液AN%高，水解度高，风佳，已广泛用于生产高级调品和食品营养强化剂，各种动物来源性抽提物生产功能性骨、肉提取物（骨素）、水产提取物、蛋白胨、肽等及研究开发一些高附加值的功能食品。
（2）焙烤行业的应用
中性蛋白酶可将面团的蛋白质水解成胨、肽类甚至氨基酸，从而减弱面团筋力，使它具有良好的可塑性和延伸性，保持清晰美观的印花图案。改善成品的光泽、使饼干断面层次分明，结构均匀一致，口感松爽酥脆。
（3）大豆分离蛋白的应用
能水解大豆分离蛋白成小分子肽，大大提高了大豆分离蛋白的生物效价，使其易为人体消化吸收，同时还提高了溶解，降低了粘度，改善了大豆分离蛋白的功能特性。
（4）酵母抽提物、酵母浸膏的生产应用
提高最终产品的蛋白质利用率及风。
（5）啤酒工业
添加中性蛋白酶分解蛋白质为多肽和游离氨基氮，特别对大麦，大豆等植物性蛋白作用效果明显，用于啤酒生产，可排除蛋白质产生的"冷混浊"现象。
（6） 医药工业的应用
含中性蛋白酶的药物，可起到消炎、利胆、止痛、助消化的功效。
（7）纺织工业的应用
用中性蛋白酶处理过的羊毛，其抗张度比常规方法高，毛线手感柔软，收缩性为0；还可用于蚕的脱胶和蚕丝的精炼。
（8） 皮革工业的应用
利用中性蛋白酶可制成脱毛剂，经鞣制的皮革，脱毛干净，粒而清晰，无明显损伤，毛孔细致光亮。
（9）饲料工业的应用
加入饲料配方中或直接与混合饲料混合饲喂，可提高蛋白质的利用率和降低饲养成本。
1.3 枯草芽孢杆菌的应用背景
工业酶的生产是工业微生物发酵的重要组成部分。据来自BBC的统计数字，2004年全球酶的交易额达到20.0亿美元（15.3亿欧元），其中食品酶占29%，饲料酶占15%，一般的工业酶占56%。枯草芽孢杆菌是当今工业酶生产应用最广泛的菌种之一。
据统计，整个酶市场的50%是由枯草芽孢杆菌所产的酶占据。由于其产酶量高、种类多、安全性好和环保等优点，在现代工业生产中被广泛用作生产菌种，其发酵生产的酶在食品、饲料、洗涤、纺织、皮革、造纸和医药等领域均发挥着十分重要的作用。
枯草芽孢杆菌生产的蛋白酶、淀粉酶是工业酶中应用最为广泛的酶，仅两者就占到了整个工业酶市场的50%。
枯草芽孢杆菌酶的主要应用领域是食品工业，全世界食品工业用酶约占总量的60%，而我国则高达85%以上。这些酶在动物蛋白水解行业的骨素加工、植物蛋白水解中的大豆蛋白和大豆肽生产、乳制品和婴儿食品生产等工业过程中都已得到广泛应用，如蛋白酶能有效提高面团工艺性能和面包质量并延长面包保鲜期；在啤酒生产中，采用淀粉酶的新型辅料液化工艺以及复合酶制剂的应用对提高我国啤酒的产量和质量有重要意义；在玉米深加工领域，采用耐高温淀粉酶和糖化酶的“淀粉喷射液化”技术以及“双酶法”糖化技术全面带动了我国淀粉糖、精和柠檬酸等生产工艺的改革；蛋白酶还可用于鱼虾等海产品下脚料的加工，用于生产调剂添加于食品中，不但提高了食品营养价值，增进经济效益，而且还变废为宝，降低了环境污染。近年来，蛋白酶、果胶酶和纤文素酶等在果酒、果汁、调品、烘焙、肉制品和中药有效成分提取以及多肽保健品生产中的应用也都取得了较大进展。