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2、严格限制留学生的专业学习，尤其是转学和升学的办理。
根据清政府的有关的留学制度，留学生的转学事宜基本上是不可能的事情完成的。“这种状况也显然不利于留学生充分发挥自己的特长和天赋，也肯定会影响学生的学习效果和水平。”4学习的兴趣对于学生的个人发展至关重要，而严格限制学生的专业学习则不利于其自身的发展和专业知识掌握的全面性。在中国接受了一定教育的留学生在西方的学习或许不尽如人意，转学和升学的办理有利于他们更好的发挥自身的特长。但清政府却没有这样做。
3、留学生的考核与录用制度也相应的存在一些不尽如人意的地方
由于在整个留学生的考核以及后来的录用过程中始终以“中学为体，西学为用”为指导方针，因此其必然缺乏一定的公正性以及稳定性，从而产生种种弊端。在考核内容上参杂着不同程度的中学和西学，甚至于中学的成分仍然占据这首要的地位。而已经明文规定的考核和录用制度也经常遭受认为的破环，充分展示清政府的人治的色彩。例如“1906年10月学部举行第二次归国留学生考试时，有两位参加考试的留学生所习科目是牙科，时值庆亲王奕励当国，领袖军机，认为进士头衔，何等尊贵，只宜授给“读书人”。他认为牙医属于方技，列入九流，纵勉予功名，赏给举人足矣。”5由于恭亲王的个人干预，而否定了一项已经明文规定的法令。而真正能够通过考试的人才也并不能够在晚清政府中真正的发挥其应有的价值。“在封建官制的影响下，留学回国的留学生经常被授与翰林、内阁中书、知县等官职，实在是学非所用，浪掷人才。这其实是传统封建教育思想“学而优则仕”的桎梏。”6
（三）留学内容侧重军事、法律等，较少人文思想等内容。
在整个清王朝派遣留学生从事晚清留学活动的过程中，留学生的留学过程中学习的知识并不是有自己决定的，而是有清政府根据当时国家的种种现状，有针对性的进行挑选。而被选中的留学生，或许对他们而言，这并不是他们的兴趣所在，而且没有任何的基础。在整个留学生的派遣任务之中，分为明显的阶段性，从甲午战争前，甲午战后，和20世纪的实业浪潮的掀起三个不同的时期，分为不同的学习任务，彼此之间并不存在任何的递进关系，反而呈现出十分复杂的状态。甲午中日战争之前，清政府认为西方的器物优势是列强获胜的关键所在，甚至早期文新思想家王韬也曾这样说过：“开辟以来，至尧舜而一变，以荒陋之天下而为文明之天下；至秦汉而又一变，以封建之天下而为郡县之天下；至今而又一变，以中国独治之天下而为四洲相通之天下。”7地方重臣冯桂芬也曾说过：“以今论之，约有数端：人无弃材不如夷，地无遗利不如夷，君民不隔不如夷，名实必符不如夷……至于军旅之事，船坚炮利不如夷，有进无退不如夷。”8所以当时的人普遍认为西方人在“舆图、算法、步天、测海、造船、制器等事，无不与用兵相表里”9而派遣闽厂生徒前往欧洲学习船政事宜。而最先的留美幼童的派遣的最终目的也在于期望幼童能够“俟学识明通，量才拔入军政(West Point)船政(Nava1Academy)两院肄业”。10直至后来的庚子留学，亦没有摆脱这种军事留学的制度。甲午中日战争之后，日本的政治经济制度所取得的成果深深的震撼了晚清政府，使其原本沉迷的美梦彻底破灭，又因为日本与中国原本的政治制度相近，且“传习易、经费省、回华较速”11等种种原因，促使晚清政府致力于学习日本的政治制度，规定“凡官阶、资序、才品可以开坊缺、送御史、开京师、放道员者，必须曾经出洋游历一次，或二年或一年均可”12，将留学活动与清政府的仕途紧密结合。进入20世纪，由于清政府迫于财政压力，放宽民间办厂的限制，使得这一时期学习实业成为重中之重。纵观晚清政府在各个不同的阶段所制定的不同的留学内容可以看出，对于留学活动，清政府并没有较为紧密的规划，甚至于可以说，清政府并不存在规划。留学活动只是清政府在列强的侵略过程中被迫实施的一项政策。其目的不在于学习西方的学术思想，而在于如何挽救国家的危亡，是在一种紧迫的情况之下被迫采取的行为。这种行为既有对世界的臣服，也有对自身的妥协。为了接受西方教育而选派留学生的行为，并不能够真正的学习到西方的先进之处，从而改变自身的困境。这种速成班式的教育也并没有真正使得留学生成为社会上的精英。