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资金使用效率是评价资金使用效果的一个参数，它主要有两个指标，即资产使用的有效性和充分性。我国非政府组织的资金支出中，用于组织的活动或项目的资金支出较少，用于行政支出的比例较大。而且非政府组织对于资金的运用，尤其是对非专项资金的运用常常会忽视了对成本的考虑，容易出现滥用资金的现象，从而导致了非政府组织的负利润。这使得非政府组织的资金没有得到充分有效的运用，资金使用效率低下。
（二）非政府组织偏离了公益性的本质
所谓公益性，即公共利益性。非政府组织是不以营利为目的的，它的决策必须符合公共利益。然而在市场经济条件下，非政府组织越来越倾向于市场化运作，利用专业权威或垄断地位牟利，甚至违规进行营利性商业活动，从而偏离了公益性的本质。如“原中国保健食品协会和中国国情研究会先后因乱排序、乱批评、乱收费以及擅自设立分支机构被注销登记或遭清理整顿。”[4]还有一些非政府组织，尤其是民办非企业单位打着“非政府组织”的旗号，实际上是掩盖“营利”的事实。
（三）存在个人腐败现象
非政府组织对财务缺乏有效监管，使得非政府组织财务不透明，这为个人腐败提供了温床，导致组织的管理者利用公款进行奢侈消费，甚至利用监管真空牟取私利。如“中国妈妈”胡蔓莉把社会捐款变为自己的个人捐，用私吞的巨额善款购豪宅，送女儿出国。这种个人腐败现象极大的破坏了非政府组织的公信力。
（四）非政府组织的行政内核导致社会功能弱化
社会功能包括环境监测功能、社会协调功能、文化传递功能和娱乐功能，非政府组织应该积极发挥社会功能。但我国有不少非政府组织是由政府组织建立的，这些组织的资金来源、具体运作、公众信任度等方面都依赖于政府，政府成了非政府组织的资源提供者，这造成了政府要求非政府组织替自己做工作甚至插手非政府组织内部事宜的局面，使得非政府组织的社会功能不断弱化。
（五）信息不对称，导致社会公众的参与度低
信息不对称是指在市场交易中，产品的卖方和买方对产品质量、性能等所拥有的信息是不相对称的，通常卖方拥有更多的信息，而买方拥有的信息相对较少。非政府组织对自身当然有足够的了解，但社会公众对非政府组织的各项信息却所知甚少，两者信息不对称。因为，大部分非政府组织都旨在帮助社会弱势群体，但通常来说，社会弱势群体所能享受并利用的社会资源相当有限，这就导致社会弱势群体缺乏有效途径参与非政府组织活动。再加上，我国大部分非政府组织更注重资金的筹集，而不是注重自身的管理活动、公益活动、资金流向等信息面向社会公布，这就使得社会公众对非政府组织缺乏理性的认识，从而也就不可能参与到非政府组织的一切活动中去。
二、当前我国非政府组织公信力缺失的原因
造成我国当前非政府组织公信力不足的原因错综复杂，大体有以下几个方面：
（一）在特殊的环境制度下，非政府组织的志愿精神缺失，公共责任理念不清
在中国长达五千年的历史中，中国是一个中央高度集权的国家，这导致在中国公权力极其巨大，而公民权利和公民意识相对淡薄。新中国成立后，中国实行计划经济，这使政府扮演着“全能政府”的角色，非政府组织没有存在的必要。目前，一些非政府组织是从某些政府职能部门转化而来的，一些非政府组织是由政府部门直接构建的，所以很多非政府组织的思想观念、职能、活动方式、管理体制等都依赖政府。甚至很多非政府组织的负责人都来自于政府部门。中国的非政府组织过分依赖政府部门，失去了其独立性，官办色彩较浓，这妨碍了非政府组织的健康发展，影响了其公信力。