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（三）政府部门对非政府组织的管理错位
我国对非政府组织施行由业务主管单位和登记管理单位双重管理的制度，其本意是想实行分级管理，但这种双重管理制度却带来了部门间相互推诿的问题，是政府部门对非政府组织的管理发生了错位。这种错位表现在：第一，随着我国非政府组织数量的不断增加，由于业务主管单位的管理人员太少，使管理人员对所要管理的非政府组织的具体情况知之有限，致使不能对非政府组织进行有效管理。第二，在登记管理方面，每个登记机关的专职管理人员数量较少，他们要承担很多非政府组织的咨询接待、受理登记、注销登记、年度检查、数据统计等工作，人手严重不足，这也导致登记管理部门不能对非政府组织进行有效管理。第三，很多业务主管单位害怕承担责任，不愿意做非政府组织的业务主管单位，即使迫于无奈承担了业务主管单位的职责，也不积极地行使自己的职责，甚至放弃行使自己的职责。第四，业务主管单位没有行政执法权，因此对非政府组织没有太大的约束力。第五，对非政府组织实行双重登记管理体制的初衷是“分级管理”，但实际上却造成了“分级限制”，这在客观上把非政府组织的活动限制在了所登记的地域上，降低了非政府组织的活动能力，影响了资源的调配效率 ，而且政府规定，同一地域内不得设立同一类型的非政府组织，这又客观上形成了垄断。
（四）相关的法律体系不完善
我国对非政府组织先后颁布了一系列的法律，有《社会团体登记暂行办法》、《民办非企业单位登记管理暂行条例》、《基金会管理条例》等。但是这些法律更偏向于行政管理与指导，仅仅对非政府组织的设立程序和管理权限等方面做出了规定。可是非政府组织的性质是社会团体自治组织，有关非政府组织的法律更偏重于行政管理指导，这是不合适的。而且，现行法律对非政府组织有诸多限制，如手续繁杂、限制发展、准入门槛过高等，这些都不利于非政府组织的长远发展。与此同时，现行法律缺乏对非政府组织的管理活动，尤其是资金管理的有效监管。