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政府和卫生主管部门在医院经济政策的变革中，也为医院的发展提供了支持。在这个阶段，医院的分配自主权逐步扩大，医院在执行事业单位工资制度和工资政策的基础上，参照国家核定的工资标准，自由确定和分配医院内部不同工作级别的工资水平。医院管理者也积极探索新的分配方法，将管理、技术等要素加入其中。并且根据不同岗位的责任、技术劳动的复杂性和承担风险的程度、工作量大小等不同情况，将管理、技术、责任、风险等要素一并归纳到分配因素确定岗位工资，按岗定酬，逐步拉开分配的档次，并向关键的岗位与优秀人才倾斜。
这一阶段，医院薪酬出现了以下一些变化：
一是医院工资制度发生了两次变化。第一次变化是，政府的政策使医院工资制度与政府机关脱钩，逐步使报酬与实际贡献相符，加大了基本工资中活的部分。实行了由专业技术人员、管理人员、工人三中对象不同的基本工资制度，并对贡献较大的员工实施奖励。第二次变化是，岗位工资和档案工资相分离，在改革的实践中创立的岗位工资制是我国公立医院面对市场经济做出的科学合理的尝试和实践，各个医院的这部分薪酬构成也与原来工资完全不相同，有的将原来工资其中的一部分另列，在加上医院另外注入的一部分，重新构成了新的不同类别不同等级的岗位工资。二是奖金分配模式发生了很大的变化。奖金与绩效挂钩较紧密，比较具有激励性的报酬。三是年薪制的出现。它不按工资、奖金或其他的收入，几乎包括了所有货币性薪酬。现阶段应用的对象主要是医院核心技术人员和核心管理人员。
二、公立医院薪酬体系所面临的问题