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1.考核地位的法定性
事业单位的绩效考核要根据国家相应的法律法规以及相关的绩效考核标准来进行。根据相关法律条文，事业单位的绩效考核需根据本身的实际情况来制定相关的考核办法，而事业单位的职工考核是单位生存、发展的客观需要。因此，事业单位绩效考核不仅是单位部门内部管理的手段，更是当前事业单位依法行政的客观要求。
2.考核标准的复杂性
所谓考核标准的复杂性，是指我国已颁布的相关法律法规和事业单位绩效考核文件没有具体的针对绩效考核的详细规定，因此，各级事业单位和部门都是根据自身状况来制定考核指标的，进而采取综合的评价措施。这就不同于企业、公司等市场经济类团体的绩效考核，也正因为如此，导致了事业单位绩效考核指标林立、众说纷纭，严重影响了我国事业单位的形象和权威。
3.考核对象的特定性
事业单位的绩效考核仅仅以事业单位员工为考察对象。按照事业单位绩效考核的规定范围，考核对象有较严格的限定，其考核的主要目的是通过对员工的日常行为表现和工作效率进行全面的评价，进而判断其是否称职、是否符合组织的规定。对于其他的群体，例如事业单位的临时工等，则不列入考核的人群中。
4.考核日期的随机性
事业单位的绩效考核是定期和不定期相互结合的。包括年度考核、年终考核、期满考核、重点工作考核等多种形式。公务员的考核包括平时考核和年度考核，但其主要形式应是定期考核，因为定期举行的考核时间相对集中，如果只有平时考核，而无定期考核，则不能认为已经建立起了正规的考核制度。
5.考核执行的垄断性
在国民经济与社会发展的过程中，公共服务和公共管理是政府部门的一种特殊产品。并且这种产品的垄断性很强，基本上没有其他的竞争对手。而事业单位作为政府一种职能机构，推动绩效考核时难免会遇到阻力 。由于领导阶层对政绩的要求，加上这种考核方式具有计划经济的特点，导致权力的垄断和过分集中，因此绩效考核成果往往流于形式，大大落后于经济社会的发展要求。
二、事业单位绩效考核中存在的问题
（一）绩效考核意识淡薄
长期以来，我国事业单位人才选拔制度十分滞后，岗位“铁饭碗”的观念在许多人中根深蒂固。因此，广大工作者对于事业单位中的绩效考核的重要性认识不足、意识淡薄。且绩效考核在事业单位的人事管理中并不是一个单独的组成部分，它不是名义上的工作内容考核，而是与工作人员的薪酬水平和人事培训息息相关，没有人会把其当作人事管理体系中最重要的激励手段。
对绩效考核重要性的认识不足也直接导致了考核制度本身的缺陷。考核过程没有进行固定化、标准化和量化，无论干的好坏与否都与个人收入、升迁关系不大，因此考核的有效性严重不足。而在平常的绩效考核中，领导阶层和管理人员对绩效考核的成果也不能进行及时的公布，对考核中存在的疑问也没有合理的解释，考核的结果也反映不出单位员工的真实工作业绩。反而会造成一种恶性循环，使绩效考核制度越来越不能引起大家的重视，不能发挥其真正的作用，这种没有实际意义的绩效考核更会导致员工工作效率、工作态度和工作创新度等达不到工作的最终要求。
（二）考核前期缺乏沟通
行政事业单位绩效考核一般遵循组织结构内的权力路线，基本属于一种体现行政权力的组织行为。组织沟通是单向的、自上而下的，缺乏有效的双向沟通。因此，高层管理者一般难以收集到基层员工对组织战略管理方面的反馈。实施绩效考核的价值在于通过对员工和基层管理工作的业绩评估，寻找组织战略管理的缺陷，以便及时调整战略实施步骤，避免可能出现的重大战略失误，而不是通过绩效考核的结果，过分重视员工绩效的优劣和员工之间的差距。