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使水体产生富营养化是食品加工废水最主要的危害,水中的生物、动物和鱼类的死亡很多时候会因为水体的富营养化而产生，同时，沉淀在水底的有机物会发出臭,然后水质就会不好,自然界的水环境变得污染。
对食品制作的工业来说，它们的废水在处理时，除非可以根据水质的特点来选择。一般用适合的预处理,而且可以用生物处理来做第一次处理。例如，由于实际情况下，在处理废水时，对废水水质要求比较高的情况时，可以用二级曝气池或二级生物滤池,或者多级生物转盘而且可以同时将两种生物处理装置串联起来。而且，也可采用其他的废水处理系统，比如，厌氧—好氧串联的生物处理系统。文献综述
三、造纸工业产生的废水的处理方法如下：
在制造纸的工业生产中，制造纸浆和抄纸两个生产过程就是造纸废水主要产生的过程。把纤维从植物原料中分开来的过程就是制浆过程。抄纸的过程其实和制浆过程有点像，就是把从植物原材料中分出来的纤维制成浆料,把它漂白过后，然后，制成的浆料进行稀释成一定的比例，压实成型状，再把成型的纸浆压干、烘烤,最后做成纸张。会有大量的废水这两项制作工艺处理过程中排放出来。在所有生产过程中，污染最为严重的过程就是制浆产生的废水。黑水之所以会被称为黑水，是因为在洗浆时排放出来的废水所呈现的是黑褐色。污染物在黑水中的浓度很高,特别是BOD的浓度，有时候可以高达5—40g/L。除此之外，还有大量的纤维、无机盐和色素存在在黑水中。含有大量的酸碱物质的废水会在造纸的漂白过程中排放出来。一般被称为白水的是经过抄纸机所排放出来的废水。因为，大量纤维的在废水中，可能添加了不少填料和胶料在生产过程中。现在，对于造纸工业的用水率的循环需要被严肃的对待而且还要提高,要对用水量和废水的排放量减少。在对于造纸行业的废水处理办法可以从其他方面来想，积极地从各种经济方向去探索了，要去找到能够使废水中的可利用的资源充分处理的办法。
方法也有不少，比如（a）浮选法—就是回收那些所谓的白水中有纤维性的固体物质，而且据说，这个方法的回收率很高，会有大概95%左右。白水经过该方法处理过后的澄清水可以再次循环利用。（b）燃烧法—因为造纸废水中产生的黑水，这个废水有氢氧化钠、硫化钠、硫酸钠等物质，还会有一些和有机物结合而产生的钠盐物质，所以为了处理黑水并且将其回收利用，可以使用该方法。（c）中和法—去除废水中悬浮固体时，可以先调节pH值去中和废水，再选用混凝沉淀或者浮选法进行进一步处理。（d）化学沉淀法—使用该方法可将废水进行脱色，将废水中的有色物质被化学物质反应后沉淀。（e）生物处理法—该方法往往是用来减少甚至去除废水中的BOD含量,该方法对于工业废水有效果尤其对牛皮纸废水，其效果特别明显。（f）湿式氧化法—这个方法就是在处理废水的时候，把亚硫酸用来处理制作纸浆的时候产生是废水，效果还很好。此外,还是会有其他的处理方法在国内外被使用，例如去处理造纸废水时，会用到反渗透、超过滤、电渗析等办法。