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摘要：在高等真核生物中，可变剪接是非常普遍的，它在基因的转录后调控中发挥了重要作用，因此越来越受到人们的重视。我们实验室之前利用高通量测序技术，对四个品系的甘薯混合样品进行超高深度的转录组测序，序列组装后共得到218,091条转录本和84,176条非冗余基因（Unigene）。本课题对这些转录组数据进行进一步的分析，考察非冗余基因所含有的转录本数目，分析可能的可变剪接转录本的数量与分布。实验结果显示，甘薯转录组中有29.06%的非冗余基因存在多个转录本，其中以含2个转录本的基因占大多数。居于这些转录本的序列高度一致，我推测他们中有相当一部分源于基因转录过程中的可变剪接。这说明可变剪接在甘薯物种的生长、分化、发育中可能起了重要作用。此外，我对这些基因的功能注释按转录本个数进行了分类，分析发现有2-5个转录本的基因中，与“转录后修饰，蛋白质折叠、伴侣”和“翻译、核糖体结构和生物发育”两类功能有关的基因被富集。最后，作为实例分析，我挑选了10个可能存在可变剪接的基因，对其所有转录本进行多序列比对与分析，考察它们可能的可变剪接机制。通过本项目的研究，我们发现大量甘薯基因存在可变剪接，且这些基因在两类功能上富集，从而为更好的理解甘薯基因组转录机制提供了实验数据。37247
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毕业论文关键词：甘薯；可变剪接；功能注释；高通量测序；转录组
Genome-Wide Preliminary Analysis of Alternative Splicing in Sweet Potato
Abstract: Alternative splicing is common in higher eukaryotes and plays an important role in gene posttranscriptional regulation. Previously, we have performed high-throughput RNA sequencing in four samples, each of which originated from one sweetpotato accession. We got 218,091 Transcripts and 84,176 Unigenes after de novo assembly using Trinity. In total, 29.06% of the genes show features of alternative splicing and the majority of these genes have two alternative transcripts. These data indicate that alternative splicing may play an important role in the growth of sweet potato. Further, we classified their functional categories according the number of transcripts of each of these genes and found that the genes each having 2-5 transcripts were enriched in the two categories: (i) posttranslational modification, protein turnover, chaperones; (ii) translation, ribosomal structure and biogenesis. In addition, 10 genes were selected for further analysis of sequence alignments to show their putative patterns of alternative splicing. In general, our study provides data for understanding the transcriptomic mechanism in sweet potato.
Key words: Sweetpotato, alternative splicing, function annotation, high-throughput RNA sequencing, transcriptome
目录
第一章 引言 1
1.1 基因表达调控的机制类型 1
1.2 可变剪接 1
1.2.1 可变剪接的含义 1
1.2.2 可变剪接的分子机制 2
1.2.3 可变剪接的基本类型 3
1.2.4 可变剪接的生物学意义 4
1.3 基因组时代可变剪接研究的方法与进展 4
1.4甘薯物种及其研究现状简介 5
1.5本课题研究思路 5
第二章 材料与方法 6
2.1供试材料 6
2.2 基因功能注释的初步分析 6
2.3 可变剪接分析 8
第三章 结果与分析 10
3.1 功能注释分析结果 10
3.2 可变剪接分析结果 18
第四章 讨论 20
致谢 21
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甘薯IbANR基因5’端序列扩增
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几种农业级壳寡糖对甘薯...
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多菌灵降解菌株djl-10基因组文库的构建
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水稻Trihelix转录因子家族基因的全基因组分析
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