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2.2 湖泊和水库
我国湖泊普遍遭到污染，尤其是重金属污染和富营养化问题十分突出。多数湖泊的水体以富营养化为特征，主要污染指标为总磷、总氮、化学需氧量和高锰酸盐指数。在几大湖泊中，75%以上的湖泊富营养化，尤以太湖、巢湖和滇池污染最为严重。太湖在20世纪80年代初期水质尚好，80年代后期开始出现轻污染，特别是1987年以后，污染趋势更为严重，水体中有机污染指标和水体富营养化指标升高。到了90年代中期，以Ⅲ类水质为主，并开始出现了Ⅴ类水质，意着太湖已被严重污染。巢湖流域目前仍处于富营养状态，11个水质监测点中，7个属Ⅴ类和劣Ⅴ水质。滇池在20世纪70年代水质良好，生物多样性丰富。到了90年代，出现严重的富营养化，水质超出Ⅴ类标准，特别是氮、磷浓度很高，曾分别达到7.5、9.19 mg/L。由于昆明市及滇池周围地区大量工业污水和生活污水的排入，致使滇池重金属污染和富营养化十分严重，作为饮用水源已有多项指标不合格，藻类丛生，夏秋季84%的水面被藻类覆盖。沿湖不少农村的井水也不能饮用，造成30多万农民饮水困难。由于饮用污染的水，中毒事件时有发生；滇池特产银鱼大幅度减产，鱼群种类减少，名贵鱼种基本绝迹。
28个国家监控的重点湖(库)中，满足Ⅱ类水质的4个，占14.3%；Ⅲ类的2个，占7.1%；Ⅳ类的6个，占21.4%；Ⅴ类的5个，占17.9%；劣Ⅴ类的11个，占39.3%。主要污染指
标为总氮和总磷。在监测营养状态的26个湖(库)中，重度富营养的1个，占3.8%；中度富营养的5个，占19.2%;轻度富营养的6个，占23.0%。
10个重点国控大型淡水湖泊中，洱海和兴凯湖为Ⅱ类水质，博斯腾湖为Ⅲ类，南四湖、镜泊湖和鄱阳湖为Ⅳ类，洞庭湖为Ⅴ类，达赉湖、洪泽湖和白洋淀为劣Ⅴ类。各湖主要污染指标是总氮和总磷。
城市内湖情况更是严重。昆明湖(北京)为Ⅳ类水质，西湖(杭州)、东湖(武汉)、玄武湖(南京)、大明湖(济南)为劣Ⅴ类。与上年相比，昆明湖水质变差，其他城市内湖水质无明显变化。主要污染指标是总氮、总磷。
在国家监控的大型水库中，密云水库(北京)和石门水库(陕西)为Ⅱ类水质；董铺水库(安徽)为Ⅲ类；丹江口水库(湖北、河南)和千岛湖(浙江)为Ⅳ类；大伙房水库(辽宁)、于桥水库(天津)和松花湖(吉林)为Ⅴ类；门楼水库(山东)和崂山水库(山东)为劣Ⅴ类。与上年相比，千岛湖和丹江口水库水质有所下降，其他8座大型水库水质无明显变化。主要污染指标为总氮。9座大型水库均为中营养状态。
2.3 地下水
全国195个城市监测结果表明，97%的城市地下水受到不同程度污染，40%的城市地下水污染有逐年加重趋势。在北京，浅层地下水中普遍检测出了具有巨大潜在危害的DDT、751751751等有机农药残留和单环芳烃、多环芳烃等“三致”(致癌、致畸、致突变)有机物。地下水超采与污染互相影响，形成恶性循环。水污染造成的水质型缺水，加剧了对地下水的开采，使地下水漏斗面积不断扩大，地下水水位大幅度下降；地下水位的下降又改变了原有的地下水动力条件，引起地面污水向地下水的倒灌，浅层污水不断向深层流动，地下水水污染向更深层发展，使地下水污染的程度不断加重。
全国近岸海域水质总体为轻度污染。与上年相比，水质略有上升。近海大部分海域为清洁海域；远海海域水质保持良好。
2008年，近岸海域监测面积共281 012 km2，其中Ⅰ、Ⅱ类海水面积212 270 km2，Ⅲ类为31 077 km2，Ⅳ类、劣Ⅳ类为37 665 km2。
按照监测点位计算，全国近岸海域水质与上年相比略有上升，Ⅰ、Ⅱ类海水比例为70.4%，比上年上升7.6个百分点；Ⅲ类海水占11.3%，与上年持平；Ⅳ类、劣Ⅳ类海水占18.3%，下降7.1个百分点。