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四大海区近岸海域中，黄海、南海近岸海域水质良，渤海水质一般，东海水质差。北部湾海域水质优，黄河口海域水质良，Ⅰ、Ⅱ类海水比例在90%以上；辽东湾和胶
州湾海域水质差，Ⅰ、Ⅱ类海水比例低于60%且劣Ⅳ类海水比例低于30%；其他海湾水质极差，劣Ⅳ类海水比例均占了40%以上，其中杭州湾最差，劣Ⅳ类海水比例高达100%。
据不完全统计，我国沿海自1980年以来，共发生赤潮300多次，其中1989年发生的的一次持续达72 d的赤潮，造成经济损失4亿元，仅河北黄骅一地6 666.67 hm2对虾就减产上万吨。1997年10月至1998年4月发生在珠江口和香港海面范围达数千平方公里大赤潮，给海上渔业生产造成的损失也是数以亿计[1]。
海洋重要鱼、虾、贝、藻类的产卵场、索饵场、洄游通道及自然保护区主要受到无机氮、活性磷酸盐和石油类的污染。无机氮污染以东海区、黄渤海区部分渔业水域和珠江口渔业水域相对较重，活性磷酸盐污染以东海区、渤海及南海近岸部分渔业水域相对较重，石油类的污染以东海部分渔业水域相对较重。此外，重金属和有毒有机化合物等有毒物质在海域中累积，并通过海洋生物的富集作用，对海洋动物和以此为食的其他动物造成毒害。
三、水体污染来源
2008年，全国废水排放总量571.7亿t，比2007年增加2.7%。其中工业废水排放量241.7亿t，占废水排放总量的42.3%；城镇生活污水排放量330.0亿t，占废水排放总量的57.7%，比2007年增加6.4%。废水中化学需氧量排放量1 320.7万t，其中，工业废水中化学需氧量排放量457.6万t，占化学需氧量排放总量的34.6%，城镇生活污水中化学需氧量排放量863.1万t，占化学需氧量排放总量的65.4%。废水中氨氮排放量127.0万t，其中工业氨氮排放量29.7万t，占氨氮排放量的23.4%，生活氨氮排放量97.3万t，占氨氮排放量的76.6%。污水排放量很大，但污水处理率低，工业废水处理率约80%，达标排放的只有60%。90%以上的城市水域受到污染，50%左右地下水水质受到污染，50%以上的重点城镇饮用水源不符合标准。
3.1 工业污染
工业生产所排放的污水是水环境中污染物的主要来源之一，虽然其排放量要比生活污水少，但是其危害要比生活污水大得多，如果这些废水不经处理直接排到自然水体中，将对生态环境造成严重破坏。工业水污染主要来自造纸业、冶金工业、化学工业以及采矿业等。而在一些城市和农村水域周围的农产品加工和食品工业，如酿酒、制革、印染等行业，也往往是水体中化学需氧量和生物需氧量的主要来源。另外，工
业生产过程中产生的其他废弃物进入水体也会造成大量的水污染，如大气污染，最后可能以酸雨的形式污染水体。
3.2 生活污染
人类所产生的生活污水逐年增加，所占比例持续升高。2006年全国生活污水排放总量为296.6亿t，到2008年，增加至330.1亿t。而我国城市污水的集中处理率仅为57.1%。全国各地生活污水对当地水体化学需氧量和生物需氧量的影响不尽相同。例如，山东省生活污水占废水总量的40%，而重庆市生活污水则产生了当地水体中68%的化学需氧量和85%的生物需氧量。
3.3 农业污
一是畜禽养殖废弃物对农村水环境的污染。随着禽畜养殖业规模化发展，禽畜粪便排放量急剧增加，成为农村环境污染的主要来源之一。2004年全国禽畜粪便产生量约28亿t 。而畜禽粪便的还田率仅为30%～50%，未经安全处理的畜禽粪污直接排放或任意堆放造成氮、磷污染所致的水体富营养化，严重污染地下水和地表水环境，导致广大农村地区饮用水出现安全问题。二是化肥和农药等化学品造成的水环境污染。我国单位耕地面积的化肥投入量是世界平均用量的2.8倍。据统计，2004年我国化肥施用量4 412万t，居世界第1位。但我国化肥利用率平均只有30%～50%，大量的化肥流失导致农田土壤污染，通过农田径流加剧了湖泊和海洋的富营养化。成为水体面源污染主要来源。此外，我国单位面积农药用量为世界平均水平的3倍，其中大多数是难降解的有机磷农药和剧毒农药，一般农药只有10%～20%附着在农作物上,绝大部分都被冲刷进入水体。