对于运河河道的治理,在相当程度上还包括对于黄河河道的治理。甚至对于黄河河道治理的好坏,直接关系到明清时期的漕运是否通畅。对于河道治理这一工程,因运河纵贯南北,而其倚为水源的钱塘江、长江、淮河、黄河和海河五大水系,却都是横贯东西的,双方必须在中途交会,方能给运道灌注新的源源不断的血液和生机,这就加大了河道治理的难度。其它水系尚无多大问题,唯独黄河不仅因为它是“合千支万派之水而来,其势浩瀚,其力勇猛,其行如疾雷飞电,猝然而至,每令人措手不及。”[14]卷5全河归故疏更因它还将所经过之豫西、山陕黄土高原,沿途冲刷的巨量泥沙,裹挟而下,到中、下游平缓开阔的豫东、鲁西以及苏北地区后,又骤然水慢沙停,导致河床日渐形成严重的水灾,从而严重的影响和破坏了漕粮的运输。再加上,上至茶城与会通河,下至清口与淮河的这条河道,正是黄河被作为漕粮运道的部分,明朝人万恭说:“黄河自清河迄茶城五百四十里,全河经徐、邳,则二洪平,舟以不败。”这就是说,茶城至清河间的540里的黄河,已成为明京杭大运河的一个重要部分[15]P109。