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虽然指导性案例与司法解释的关系十分密切，而且在作用方面也有重合的部分，但两者的区别还是十分明显的。无论是公布主体、公布程序还是法律效力，两者都是存在巨大差别的。司法解释权是法律授予最高人民法院和最高人民检察院的权力，只能由最高法和最高检行使，而且司法解释必须经过最高人民法院审判委员会通过，报全国人大法工委备案，是具有确定的法律地位和明确的法律效力的。而指导性案例无论是公布主体、公布程序还是法律效力，目前都处于不确定的状态，学界和实务界都还存有一定争议。因此不宜把指导性案例直接归入司法解释，认为其是司法解释的一种形式，可以通过其他的间接手段将指导性案例的精髓吸收到司法解释中。
指导性案例多属于典型的、疑难的案件，将指导性案例中典型的、突出的问题予以概括总结，将裁判理由、法庭意见中的精髓予以提炼和概括，形成具有普遍性的法律规则，然后将其吸收到司法解释中，赋予其法律效力，这样既可以充分发挥指导性案例在统一法律适用、弥补法律空白方面的作用，又可以增强司法解释的具体性，减少司法解释因过于抽象而饱受的诟病。
三、指导性案例在我国司法适用的现状及问题
（一）指导性案例在我国的司法适用现状
1. 发挥先例作用的指导性案例的适用
指导性案例自在《最高人民法院公报》上公布20余年来，虽然就其法律地位等的界定学界仍有较大争议，但指导性案例在我国实践中确实已经发挥了一定的指导作用，许多典型案例在《最高人民法院公报》上刊登出以后，确实成为这一类型案件的先例，对法官的审判活动起到了一定的指导作用。1986年第3期《中华人民共和国最高人民法院公报》上公布的“种子案” 开创了我国集团诉讼诉讼代表人制度的先河。在该案中，被告种子公司于1984年7月擅自降低种子的收购价格引起纠纷，原告1569户稻种经营户集体向安丘县法院提起诉讼。而当时实行的是1982年《民事诉讼法（试行）》，其中并没有规定诉讼代表人制度。于是安丘县法院决定由元坝乡推举8人，努力乡推举1人代表原告参加诉讼，开创了我国集团诉讼诉讼代表人制度的先河，在1991年制定正式的《中华人民共和国民事诉讼法》之前，对类似案件起了先例的作用，并且为我国《民事诉讼法》建立诉讼代表人制度提供了现实依据。同样起到了先例作用的还有1997年第2期公布的“贾国宇诉北京国际气雾剂有限公司、龙口市厨房配套设备用具厂、北京市海淀区春海餐厅人身损害赔偿案” ，在该案中原告除了提出物质损失赔偿外，还提出了精神损害赔偿。但当时我国无论是《民法通则》还是其他部门法都未对精神损害赔偿作出规定。审判法官用了“残疾补偿金”的名义判决被告向原告支付10万元赔偿金，但学界和实务界普遍认为，审判法官其实用了“残疾补偿金”之名行“精神损害赔偿”之实，开创了我国“天价”精神损害赔偿的先河。
除了上述两例典型地起到了先例作用的指导性案例以外，还有许多其他的对法官的审判活动起到了指导作用的指导性案例。夏锦文教授曾于2010年1月对江苏省南京市两级人民法院就司法判例指导实践的基本情况进行过专项实证调查，调查发现大部分法官有寻找判例的习惯，且参照的判例集中在新类型案件和自由裁量范围大的案件。 调查还发现法官对判例的关注重点都较为一致，充分的说理论证和明确的裁判规则是大多数法官对判例的普遍要求。不难理解，法官，尤其是基层法院的法官每年都要审理大量的案件，审判效率必须有所保证，因此，方便快捷成为法官选择解决疑难案件依据的重要标准，而充分的说理论证和明确的裁判规则既降低了法官参考适用指导性案例的难度，又提高了法官的审判效率，理所当然地会成为法官选择参考指导性案例的重要标准，在某些情况下，甚至是唯一标准。