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Taq酶用量少会使扩增的条带变弱；用量过大，则非特异扩增产物含量会增加，Taq酶的用量通常以0.5U~1 U左右扩增效果较好[20,24]，与本试验结果一致。
退火温度因引物变化而变化，大多数ISSR引物适合较高的退火温度，有时高于其Tm值，但并非同一物种所有引物为同一退火温度，有时差异较大。如本试验中UBC899引物的最适退火温度为45℃，远远低于其Tm值。一般来说，在Tm允许的范围内，尽量选择较高的退火温度，可以减少引物和模板之间的非特异性结合，提高PCR的特异性。因此在某种具体物种的反应体系建立时，不同引物的退火温度应逐一筛选。