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在碱催化下，DCC 法会产生副反应，即酰基会从异脲氧原子向氮原子转移，产生 N-酰基脲。为了抑制这个副反应，我们分两步进行缩合实验，首先先用适量的碱中和上步中的氨基酸甲酯盐酸盐，实验初始我们探索过使用氨水、碳酸氢钠等无机碱，虽然可以很好的中和氨基酸甲酯盐酸盐，但反应体系会引入大量水，不利于后续氨基酸的缩合，因此我们选用有机碱三乙胺，并且要控制三乙胺的加入量，否则过量的碱会增加已经生成的氨基酸甲酯发生消旋的可能性。然后再与N-Cbz-L-脯氨酸在 DCC 中缩合。由于 DCC 与酸反应为放热反应，而温度过高会导致消旋，因此要在冰水浴中逐滴加入 DCC 的二氯甲烷溶液，使温度文持在 0℃，这样可最大程度避免消旋现象的发生。
采用 DCC 法进行缩合反应时，除 N-酰基脲的形成外，还有 N，N’-二环己基脲（DCU）的生成，随着反应的进行，由于 DCU在二氯甲烷中溶解性不好而逐渐从反应液中析出，待反应完全后，过滤除去大部分的 DCU副产物，减压浓缩后产物中仍会残留有部分 DCU，此时宜用对其溶解性更差的乙酸乙酯洗涤，以除去剩余的 DCU，从而使产物更加纯净。
2.3.3.4 保护基的脱除
不同的保护基有不同的脱除方法，Cbz保护基采用氢解的方法脱除，Cbz保护基采用钯/碳催化氢化的方法脱除。酸解脱除Boc保护基反应缓慢不彻底，常用三氟乙酸脱保护，但考虑到三氟乙酸具有强腐蚀性且后处理困难，因此我们采用钯/碳催化氢化脱除Cbz保护基的方法。
2.3.3.5 环化过程
环二肽合成的最后一步关环反应，同时也是环二肽合成中最关键的一步，如何最大限度的避免消旋以及副反应的发生，我们从温度、溶剂、反应浓度等方面进行讨论。
2.3.3.5.1 温度对反应的影响
根据文献[83]高温有利于线性肽链克服自己的扭曲张力，增加首尾相遇的机会有利于环化，虽然高温可加速环化的速度，但温度过高，副反应也随之增加，且增加了消旋的可能性。而低温会使反应时间延长，同样也会有副产物产生。经过实验我们发现，在甲醇中温度低于30℃反应，反应时间相对缩短同时减少副反应的发生并且可避免消旋现象的产生，在此温度下有较好的产率。
2.3.3.5.2 溶剂对反应的影响
目前所报道的环二肽关环反应中通常采用仲丁醇为溶剂，主要目的是为了提高反应温度，缩短反应时间，加快反应的进行从而提高反应产率。但以这种方法进行实验，我们发现有副反应发生且产物发生消旋。虽然 Nitecki[78]提出在丁醇和甲苯的混合溶剂中回流合成环二肽不会造成消旋，但甲苯的沸点为 110℃，温度较高，减压蒸馏不能完全蒸干，会影响最后环二肽的结晶。而在甲醇中进行关环反应，反应时间相对缩短同时减少副反应的发生并且可避免消旋现象的产生，而且甲醇易于减压蒸馏而除尽，方便以结晶或柱层析的方法得到纯净的环二肽，因此我们选择用甲醇为反应溶剂。
2.3.3.5.3 空气对反应的影响
采用钯/碳催化氢化脱除Cbz保护基后，所得到的产物为线性二肽，我们在甲醇中关环，实验中发现体系中存在的氧气可能会引起终产物环二肽的副反应，并且随体系开放程度的增大副产物产量增大。因此我们只用一步进行反应，脱除Cbz后直接进行关环。
2.3.3.5.4 反应浓度对反应的影响
关环反应实际上是分子内缩合形成肽键的反应，因此反应物的浓度对于关环反应同样很重要。若反应液浓度过高则容易发生分子间的聚合，从而导致环二聚肽和环多聚肽等副产物的生成，我们以较高浓度的甲醇为溶剂进行实验，TLC 检测确实有更多的副产物存在。因此关环反应须在稀溶液中进行，我们以线性肽前体与溶剂甲醇的比例不小于 1：20（g/mL）为反应条件进行关环反应。